При расчете запускаете как расчет обычного больничного (а не как продления).
Вводите номер продления и нажимаете "найти". Далее расчет как обычно.

Как-то странно не обновлять программу по полгода... упомянутые изменения вышли в конце января.
Мне даже стало любопытно как вы отчитались по 2-НДФЛ, как сдавали П-4 и справку по апрельской зарплате...

Отчет собирает статистику по зарплате относящейся к апрелю. Доплата за февраль-март сделанная в апреле никакого отношения к зарплате за апрель не имеет. Если вы включите ее в отчет вы исказите статистику (а потом мы все вместе удивляться будем что по статистике все оказывается много зарабатывают и благосостояние растет).

По порядку заполнения формы максимум что можно включить "по начислению" это премию за март выплачиваемую с зарплатой за апрель. Да и то это касается только тех, кто не успевает рассчитать своевременно ежемесячную премию и выплачивает ее с задержкой. То есть они просто до конца сдачи отчетности (до 20 мая) физически не могут посчитать премию за апрель, поэтому они включают премию за март.

Не стоит идти на поводу по любому запросу клиента. В данном случае налицо явное непонимание сути доплаты до МРОТ. За каждый месяц человек должен получать основной зарплаты не меньше МРОТ.
При этом пересчет за прошлые месяц влияет лишь на доплату того прошлого месяца, а не на доплату за текущий месяц.
Ну то есть если они пересчитали оклад за апрель, то пусть пересчитают не только оклад, но и доплату до МРОТ за апрель. Это будет правильно. А вот учитывать доначисленную сумму оклада в мае - неправильно.

С тем что у вас совпадают регистрационные номера ФСС для части организаций. ЭЛН же выписывается на конкретный рег.номер ФСС

Скорее всего вы не инициализировали таблицу как таблицу. InitialEmptyTable.
Только после этого начинаете создавать колонки и передавать в файл.

Представитель ЦА ФСС сказал сообщать им (в Москву) о всех случаях когда местные отделения ФСС требуют печатную форму.
Дословно:

Требовать не имеют права. О конкретных случаях обязательно сообщайте. Будем проводить разъяснительно-воспитательную работу

В таблице соответствия для подготовки сводов для 313 вида стоит фонд 99. Во многих "режимах" это аналог "мнимости". Поставьте 313 виду другой фонд и все встанет на свои места.

Ну это надо по факту внести существенные изменения в форму реестра. То есть разобраться  с тем как он устроить, скопировать поставочный текст, внести свои изменения.

Выделил вопрос в отдельную тему.