МРОТ 11163.

11163*24/730 = 367

11163*1.15*24/730 = 422.05

сумма дохода работника маленькая, расчет ведется по МРОТ

Да, Вы правы в том, что, так как это другое ОКТМО-КПП, то данные каждого работника должны формироваться двумя налоговыми регистрами (один налоговый регистр по одному ОКТМО-КПП, другой по-другому). У нас сейчас НДФЛ считается "один лицевой - один налоговый регистр".
Но в Вашем случае ведение нескольких регистров по одному человеку (ну или другими словами "считать как будто он только что принят с другого места работы") не спасает. Потому даже если посчитать в программе, как будто в предыдущих месяцах нет сумм, у Вас все равно будет погрешность и сумма не пойдет.

Я же выше привел пример на основании сумм за 1 месяц. Там предыдущие месяцы вообще никак не фигурировали:

У каждого работника доход 6543.21. НДФЛ 851 рубль. Таких работников 10. Общий доход 65432,10. Общий НДФЛ 8510. А Контур-Экстерн Вам скажет: 65432,10*0,13 = 8506,173

Суммы совпадут только в том случае если погрешность суммарная "плюсовая погрешность" по попавшим в отчет людям совпадет с суммарной "минусовой погрешностью" по попавшим в отчет (вероятность этого очень мала) или если в отчет попадет только 1 человек. 

Восстановить из страховой копии ZPL или найти подходящую копию в каталоге zpl\BACKUP\Previous\LS\ (но лучше с помощью сопровождающего специалиста). Если после удаления больничного данный лицевой счет больше не изменялся (не перезаписывался), можно выполнить восстановление Ctrl+F7 - "Восстановление ЛС" - и выбрать в качестве каталога "....zpl\BACKUP\Last\LS\000000\" там выбрать файл соответствующий табельному этого ЛС.

Любовь, а почему у Вас раздел 2 пустой? Все выплаты за сентябрь были уже в октябре что ли? Ни одной выплаты в сентябре не было?

Этого предупреждения у Вас и правда не возникло бы, если бы хотя бы одна строчка во втором разделе была.

Нет в программе режима "восстановить удаленный больничный".

Больничный можно либо заново посчитать, либо восстанавливать лицевой счет на состояние "до удаления".

Вы налога удержали ровно столько сколько положено. Контур-Экстерн не имеет возможности правильно посчитать сумму налога, так как у него нет информации отдельно по каждому работнику, учтенному в первом разделе 6-НДФЛ.

Когда Вы говорите про погрешность равную нулю я не совсем понимаю что  Вы имеете в виду.
Когда вы считаете НДФЛ отдельно по работнику, вы делаете округление до полного рубля. В этот момент у вас появляется погрешность не больше чем "плюс минус 0.5 рубля", если сравнивать с суммой без округления.

Когда вы считаете НДФЛ умножая общую базу по всем работникам на ставку, то там как раз НДФЛ будет посчитан "без округления".

Другими словами, сумма, стоящая в строке 040, может отличаться от суммы посчитанной как "общая база * ставку" на 0.5 * количество работников. Отличие может быть как в большую сторону так и в меньшую.

Второй раздел 6-НДФЛ слабо связан с первым. Во втором разделе информация об удержании НДФЛ, в первом - об исчислении. Первый сверяется с 2-НДФЛ, но не со вторым. Чтобы сверять со вторым надо чтобы в организации удержание проходило в тех же месяцах, когда доход и налог исчислялись. А это далеко не всегда так.

НДФЛ считается по людям всегда в полных рублях, поэтому я не совсем понимаю зачем считать его с 4 знаками после запятой, если это никакого отношения к настоящему НДФЛ уже не будет иметь.

Контур-Экстерн не может корректно посчитать НДФЛ для строки 040. У вас расчет ведется отдельно по каждому работнику, с округлением до рубля. Контур-Экстерн взял общую сумму дохода всех работников и умножил на ставку налога и округлил до рубля.

Пример:

У каждого работника доход 6543.21. НДФЛ 851 рубль. Таких работников 10.

Общий доход 65432,10. Общий НДФЛ 8510. 

А Контур-Экстерн Вам скажет: 65432,10*0,13 = 8506,173

Проверяйте НДФЛ налоговыми регистрами если не уверены в правильности сумм.
Сумму в 6-НДФЛ в строке 040 можно сверить по сводной справке 2-НДФЛ (формируете 2-НДФЛ по тем же самым людям, только печатаете не отдельные справки 2-НДФЛ, а сводную справку).

Здравствуйте, Любовь!

Программа может формировать отчетность 2-НДФЛ и 6-НДФЛ автоматически относя работника на нужное ОКТМО-КПП.

Если в каждом календарном месяце одного работника будете относить всегда к одному ОКТМО-КПП, то для этого достаточно настроить разбивку по полю кадровой части.
Вызовите из программы помощь (F1) и на вкладке "Поиск" наберите ОКТМО. Среди найденных результатов выберите 6-НДФЛ. Все что касается разбивки по ОКТМО справедливо как для 6-НДФЛ, так и для 2-НДФЛ.

В вашем случае, если подойдет настройка разбивки по полю кадровой части. Вам достаточно будет всем ЛС поставить что до сентября они относились к головной организации, а с сентября каждому ЛС поставить свое значение (к какой организации он стал относиться). В этом случае данные до сентября будут попадать в головную организацию, а с сентября с разбивкой.

Если у вас есть закрепленный за вами специалист, то лучше чтобы первоначальную настройку и объяснение как работать с несколькими подразделениями выполнил он.

Если речь была про то, что копировать себе из сохраненки: всегда беру поставочный zpl, удаляю поставочные Z1,Z2 и копирую туда все из сохраненки.