Светлана Александровна, давайте попробуем меньше эмоций и больше по делу.
1) во-первых Вы ошибаетесь, если считаете что ФНС нам что-то должна как разработчикам. Последние годы мы как разработчики часто получаем ответы вида "Вас эта ситуация не касается, поэтому мы не обязаны давать вам разъяснения, пусть к нам обратится налоговый агент, кого эта ситуация затронет и мы ему ответим". Если хотите я вам выложу скан подобного ответа?

2) во-вторых не очень понимаю из-за чего столько нервов. Сумма налога не изменяется как бы не произошло оформление.
У вас есть два способа что-либо "необложить" НДФЛ:
а) исходно не включить доход в базу. Как пример суммы отпуска по беременности и родам. Хотя они точно так же упомянуты в статье 217 НК.
б) включить доход в базу а затем исключить его при определении облагаемой базы
При этом любой из этих способов вам дает один и тот же итоговый налог.

Поэтому когда вы пишите "никакого влияния на расчет НДФЛ не получаем" вы ошибаетесь, либо у вас что-то настроено не так (с другой стороны я вижу "это сумма вошла, а потом вычет ее убрал", видимо база таки меньше).

У нас реализован вариант "а", просто потому что на тот момент никаких письменных разъяснений ФНС не было. А устное разъяснения ФНС было "вообще не надо включать в базу".
Более того! Способ "а" правильнее просто потому, что он НЕ привязан к коду дохода. А способ "б" выглядит менее правильным, потому что в общем случае вам 620 вычет надо будет поставить не только на 2000 код дохода, но и, например, на 2002, если часть зарплаты у вас шла премией. А  итоговый результат (сумма НДФЛ) у вас будет абсолютно та же.

3)   В-третьих, см.ст 81. НК "Внесение изменений в налоговую декларацию, расчеты"

1. При обнаружении налогоплательщиком в поданной им в налоговый орган налоговой декларации факта неотражения или неполноты отражения сведений, а также ошибок, приводящих к занижению суммы налога, подлежащей уплате, налогоплательщик обязан внести необходимые изменения в налоговую декларацию и представить в налоговый орган уточненную налоговую декларацию в порядке, установленном настоящей статьей.

При обнаружении налогоплательщиком в поданной им в налоговый орган налоговой декларации недостоверных сведений, а также ошибок, не приводящих к занижению суммы налога, подлежащей уплате, налогоплательщик вправе внести необходимые изменения в налоговую декларацию и представить в налоговый орган уточненную налоговую декларацию в порядке, установленном настоящей статьей. При этом уточненная налоговая декларация, представленная после истечения установленного срока подачи декларации, не считается представленной с нарушением срока.

В переводе на русский, с учетом п.2 - эта "ошибка" не будет даже считаться ошибкой, требующей подачи корректировок. Если еще проще: ФНС не важны такие мелочи, если не искажается сумма налога и/или не ущемляются как-либо права налогоплательщика и никаких последствий для налогового агента нет (и для вас как бухгалтера тоже)

4) кто написал эти образцы заполнения? И почему доверие авторам этих образцов больше? Они что ли не могут ошибаться? Даже ФНС в своих письмах может ошибаться ;)

5) Вы можете настроить в КЗ любой способ учета!!!
Чтобы 850 у вас шел с 620 кодом вычета, вы и настройте его с 620 кодом вычета.
Если у вас у всех сотрудников достаточно 2000 кода дохода чтобы в полном объеме получить требуемый вычет, то все просто:
В настройке налога для 850 вида надо:
- указать 620 в столбце "Отд.Выч"
- в столбце "Доп" вместо того что там написано поставить букву К (русская)
- дополнительно, для того(тех) видов, на которые распространяется действие этого 620 вычета вам тоже в столбце "Отд.Выч" надо поставить 620. Например, если исходная сумма дохода у вас проведена окладом 104, то 620 надо поставить для оклада.

Если ваша ситуация сложнее и "зарплата" за нерабочие дни у вас делится на несколько кодов дохода (не только 2000), то вам надо завести еще один вид по аналогии с 850, все настроить точно так как я описал для 850, только код дохода поставить не 2000. 

Если хотите следовать Письму ФНС России от 02.02.2022 N БС-4-11/1156@ то надо настроить как в п.5.

6) применение указанного вычета в декабре выглядит странным. Вычетом является зарплата за нерабочие дни ноября. Дата получения дохода в виде заработной платы - последний день месяца. Как следствие дата попадание этого дохода в налоговую базу - 30.11.2022. В декабре этого вычета быть не должно.

Будет исправлено в сегодняшней версии. пока что можно создавать 6-ндфл в режиме "Отчеты -> Отчетность в ФНС"